一つ前のエントリで、タンパク質の配列を比較してみたりしました。そのついでに、もうひとつ遊んでみたことがあるので、ついでにblogにしようと思います。
細胞膜に埋まっているタンパク質の形状を予測するSOSUIというプログラムがあります。全く使ったことはなくて、存在だけを知っていましたので、今回、なんとなく使ってみました。まぁ、これも自分の遊びなんですけどね。
とりあえず、M１受容体のアミノ酸配列を用いて行いました。本当は、この結果をビジュアルで示したかったんですが、ちょっとうまく出来ませんでした。結果は次のようにでました。アミノ酸番号で示された領域が細胞膜に埋まっている場所なんですね。GPCRは、7回細胞膜を貫通するのが特徴なので「7回膜貫通型受容体」なんて呼ばれたりします。ヘプタレスのヘプタはギリシャ語で「７」を意味します。
【SOSUIによる”AAK68112.1| m1 muscarinic cholinergic receptor [Homo sapiens]”の予測の結果】
| No. | N terminal | transmembrane region | C terminal | type | length |
| 1 | 66 | QVAFIGITTGLLSLATVTGNLLV | 88 | SECONDARY | 23 |
| 2 | 100 | TVNNYFLLSLACADLIIGTFSMN | 122 | SECONDARY | 23 |
| 3 | 125 | TTYLLMGHWALGTLACDLWLALD | 147 | SECONDARY | 23 |
| 4 | 190 | LAWLVSFVLWAPAILFWQYLVGE | 212 | PRIMARY | 23 |
| 5 | 227 | QPIITFGTAMAAFYLPVTVMCTL | 249 | SECONDARY | 23 |
| 6 | 408 | TLSAILLAFILTWTPYNIMVLVS | 430 | PRIMARY | 23 |
| 7 | 439 | ETLWELGYWLCYVNSTINPMCYA | 461 | SECONDARY | 23 |
This amino acid sequence is of a MEMBRANE PROTEIN
which have 7 transmembrane helices.
M1受容体は図で示すことが出来なかったので、ロドプシンというタンパク質の配列を予測してみました。このようにビジュアルで示してくれます。
7回、細胞膜を貫通しています。ヘプタレス社の会社のロゴにそっくりでしょ（笑）こんなしょーもないblogで少しでも皆さん興味を持ってもらえればうれしいです。